第46集:第1集
几方势力都在寻找机器，然而机器却展示了令人难以置信的自我保护能力，自己把自己转走了……转到了一个无人知晓的地方！Reese和Shaw从Root手中救下Finch，Root被关进精神病院，但还是有办法与机器保持联系。Carter在与HR组织对抗时面临内务调查部的调查，然而她还是帮助犯罪头目Elias逃走了。当第二季结束的时候，Reese和Finch、Hersh和Root全都接到了机器打来的电话。看起来机器已经有了自主思考能力。机器的下落不明，而且完全处于「自我管理」状态，但仍然给Finch提供看似「毫不相关」的号码，帮助他确定那些身处险境之人的身份。机器提供的新号码指向一名海军官员，他和许多水手都已经来到纽约过「舰队周」（每年一度的水手集会，每年的5月海军军舰和空中救援队突然出现在城中，士兵们穿着正式的白色水兵服，场面很特别）。放眼望去，纽约的大街小巷上到处是穿白色水手服的士兵和军官，究竟谁才是Finch要找的人？他指派Reese和Shaw完成任务，这可给他们出了一道难题。与此同时，Carter遭腐败的警察犯罪组织HR陷害，被降职为街头巡警。但她并未放弃与HR组织的斗争，相反，她设下一个计策要将他们一网打尽。Root身处精神病院，她决定对自己的周遭环境进行一番试探。
