渔业飞行员月冈和小林在无人岛上的石洞目击哥斯拉和一隻背面长出长刺的怪兽正在打斗。返回大坂后，二人立刻报告, 对策本部立即被成立，并查那一隻长刺的怪兽叫“安基拉斯”，又是和哥斯拉一样受氢弹试验而苏醒， 山根博士在没有兵器对抗哥斯拉的情况下， 建议用灯光诱导怪兽回海的方法。
在灯火管制下，大坂湾出现哥斯拉，防卫队在湾外发射照明弹作诱导。可是，有几位囚犯趁疏散时逃狱，他们抢了运油车。为逃避警方追捕，他们在大坂市中飞车，由于车速过快，运油车失控撞进工厂，引发大爆炸，壤成火灾，以致哥斯拉向著大坂上陆。破坏大坂上的建筑物，后来更在大坂城跟安基拉斯死斗，哥斯拉最后咬死暴龙安基拉斯，再以放射火焰把安基拉斯火化，哥斯拉回到海中消失身影。
转了公司一起到北海道的月冈，在那裡与从前的战友再次相见。在大坂消失身影的哥斯拉突然在北海道海上被发现。哥斯拉更在神子岛上陆了，轰炸机赶至并发动全面轰炸，但对哥斯拉完全没有效。小林的飞机被放射热线打中，接著堕机牺牲。在那个事故后引起雪崩的先兆，于是他们就对哥斯拉展开“雪崩埋没大作战”。月冈放出飞弹令雪崩发生，最后哥斯拉终于被雪和冰淹没了。
由于没有比核弹更利害的氧破坏剂，令山根博士对打败怪兽感到悲伤，再次看出在他眼中只有核弹或氧破坏剂的思想，而忽略借用大自然的力量去对抗，“雪崩埋没大作战”便证明自然力量大于一切，即使一隻无敌怪兽王也轻意被推倒。
